درباره PotatoPepDB
PotatoPepDB یک پلتفرم تخصصی بیوانفورماتیک است که به عنوان مخزن مرکزی و موتور تحلیلی برای پپتیدهای ضد میکروبی (AMPs) مشتق شده از Solanum tuberosum (سیبزمینی) طراحی شده است.
چالش
با افزایش تهدید پاتوژنهای مقاوم به آنتیبیوتیک در کشاورزی، شناسایی مولکولهای دفاعی طبیعی گیاهی برای توسعه راهحلهای کشاورزی پایدار بسیار حیاتی شده است.
راهحل ما
ما یک اپلیکیشن وب جامع توسعه دادیم که به محققان امکان میدهد:
- جستجو و کشف: یافتن پپتیدهای ضد میکروبی با استفاده از کوئریهای متنی ساده یا ساخت فیلترهای منطقی پیچیده با قابلیتهای جستجوی پیشرفته
- تحلیل BLAST: انجام جستجوهای شباهت توالی در پایگاه داده پپتیدها
- ماشین حساب پپتید: پیشبینی پتانسیل ضد میکروبی با استفاده از متریکهای فیزیکوشیمیایی پیشرفته شامل وزن مولکولی، نقطه ایزوالکتریک، GRAVY، بار خالص، شاخص بومن و موارد دیگر
- داشبورد آماری: مشاهده آمار جامع پایگاه داده و توزیع پپتیدها
- تجسم سهبعدی: نمایش تعاملی ساختار مولکولی برای تحلیل پپتید
پیادهسازی فنی
این پلتفرم با استفاده از تکنولوژیهای مدرن وب ساخته شده است:
- فرانتاند: React با TypeScript، Tailwind CSS برای طراحی واکنشگرا
- بکاند: FastAPI (Python) برای API با کارایی بالا
- پایگاه داده: MongoDB برای ذخیرهسازی انعطافپذیر دادههای پپتید
- استقرار: کانتینرسازی Docker با Traefik reverse proxy
تأثیر
PotatoPepDB توسعه نسل جدید زیستآفتکشها و محصولات تراریخته با مقاومت افزایشیافته را تسهیل میکند و به شیوههای کشاورزی پایدار کمک میکند.
کارفرما
این پروژه با همکاری دکتر فرهاد نظریان فیروزآبادی، استاد ژنتیک و بیوتکنولوژی گیاهی و رئیس دانشکده کشاورزی دانشگاه لرستان توسعه یافته است.
