عن PotatoPepDB
PotatoPepDB منصة متخصصة في المعلوماتية الحيوية، صُممت لتكون مستودعًا مركزيًا ومحرك تحليل للببتيدات المضادة للميكروبات (AMPs) المستخلصة من نبات البطاطس Solanum tuberosum.
التحدي
مع تصاعد خطر مسببات الأمراض المقاومة للمضادات الحيوية في الزراعة، أصبح اكتشاف الجزيئات الدفاعية الطبيعية المستمدة من النباتات أمرًا بالغ الأهمية لتطوير حلول زراعية مستدامة.
حلّنا
طوّرنا تطبيق ويب شاملًا يمكّن الباحثين من:
- البحث والاكتشاف: العثور على الببتيدات المضادة للميكروبات باستخدام استعلامات نصية بسيطة أو بناء عوامل تصفية منطقية معقّدة بإمكانات بحث متقدمة
- تحليل BLAST: إجراء عمليات بحث عن تشابه التسلسلات مقابل قاعدة بيانات الببتيدات
- حاسبة الببتيدات: التنبؤ بالفعالية المضادة للميكروبات باستخدام مقاييس فيزيوكيميائية متقدمة تشمل الوزن الجزيئي، ونقطة التعادل الكهربائي، ومؤشر GRAVY، والشحنة الصافية، ومؤشر Boman، وغيرها
- لوحة الإحصاءات: عرض إحصاءات شاملة لقاعدة البيانات وتوزيعات الببتيدات
- التصور ثلاثي الأبعاد: عرض تفاعلي للبنية الجزيئية لتحليل الببتيدات
التنفيذ التقني
بُنيت المنصة باستخدام تقنيات ويب حديثة:
- الواجهة الأمامية: React مع TypeScript، وTailwind CSS للتصميم المتجاوب
- الخلفية: FastAPI (Python) لواجهة برمجة تطبيقات عالية الأداء
- قاعدة البيانات: MongoDB لتخزين مرن لبيانات الببتيدات
- النشر: حاويات Docker مع بروكسي عكسي Traefik
الأثر
يسهّل PotatoPepDB تطوير الجيل القادم من المبيدات الحيوية والمحاصيل المعدّلة وراثيًا ذات المقاومة المعزّزة، مما يسهم في ممارسات الزراعة المستدامة.
العميل
طُوّر هذا المشروع بالتعاون مع الدكتور فرهاد نظريان فيروزآبادي، أستاذ علم الوراثة النباتية والتقنية الحيوية وعميد كلية الزراعة في جامعة لرستان، إيران.
